Ο βιολογικός βόθρος είναι μια μικρή μονάδα βιολογικού καθαρισμού καθώς έχει παρόμοια λειτουργία με το βιολογικό καθαρισμό αλλά σε μικρότερη κλίμακα.
Ο βιολογικός βόθρος συγκεντρώνει τα λύματα από τους υδραυλικούς υποδοχείς του σπιτιού μας σε μία σηπτική δεξαμενή όπου καθιζάνει η λυματολάσπη και βιοδιασπάται με τη βοήθεια μικροοργανισμών. Το νερό που έχει απαλλαγεί από τις βλαβερές ουσίες μεταφέρεται σε δεύτερη δεξαμενή για χρήση ως ποτιστικό στον κήπο.
Έχει τη δυνατότητα να επεξεργαστεί τη λυματολάσπη με αερόβια ή αναερόβια μέθοδο. Η αερόβια μέθοδος γίνεται με την εισαγωγή οξυγόνου στο χώρο της σηπτικής δεξαμενής και κοστίζει παραπάνω από την αναερόβια που γίνεται χωρίς εισαγωγή αέρα. Η αερόβια μέθοδος διασπά γρηγορότερα και καλύτερα τη λυματολάσπη. Η σήψη εντός του βόθρου γεννά βακτήρια που κάνουν ζυμώσεις οι οποίες διασπούν τα λύματα.
Σε αντίθεση με το στεγανό ή τον απορροφητικό βόθρο, παρουσιάζει μια σειρά από σοβαρά πλεονεκτήματα. Δεν απαιτεί συχνό άδειασμα ούτε φράζει όπως γίνεται με τους στεγανούς βόθρους, εξοικονομώντας έτσι χρήματα από τη διαχείρισή του και δεν αποτελεί όχληση για ενοίκους και γείτονες.
Επίσης, αναλόγως της χρήσης που του γίνεται, χρειάζεται την προσθήκη των μικροοργανισμών κάθε 1 με 2 έτη και απομάκρυνση της λυματολάσπης που συγκεντρώνεται στο βυθό του, με κόστος συντήρησης πολύ χαμηλότερο από τους παραδοσιακούς βόθρους λόγω της απαλλαγής από τις συχνές αποφράξεις, άδειασμα και καθαρισμό του βόθρου.
Εάν γίνεται διακοπτόμενη χρήση στο βιολογικό, π.χ. αν χρησιμοποιείται μόνο στις καλοκαιρινές διακοπές, τότε χρειάζεται προσθήκη μικροοργανισμών σε κάθε περίοδο χρήσης που πάντως είναι μια συντήρηση με πολύ μικρό κόστος.
Ο βιολογικός βόθρος δεν επιβαρύνει το περιβάλλον καθώς φιλτράρει και καθαρίζει το νερό που επιστρέφει στο περιβάλλον, αντίθετα με τον απορροφητικό που εάν έρθουν τα ακάθαρτα και χωρίς επεξεργασία ύδατα σε επαφή με τον υδροφόρο ορίζοντα, θα προκαλέσει σίγουρη μόλυνση. Ακόμη, η απελευθέρωση αζώτου και φωσφόρου από τον απορροφητικό βόθρο, δημιουργεί φαινόμενα ευτροφισμού στα ποτάμια και τη θάλασσα. Ο ευτροφισμός συνίσταται στην υπέρμετρη αύξηση ειδών που ευνοούνται από την παρουσία των 2 στοιχείων σε βάρος άλλων με επιπτώσεις στη διατάραξη της βιολογικής ισορροπίας.
Η χρήση του βιολογικού πρέπει να είναι προσεκτική ώστε να μην καταστραφούν οι μικροοργανισμοί που φιλοξενεί και που κάνουν όλην την επεξεργασία των λυμάτων. Οι μικροοργανισμοί μπορούν να καταστραφούν από τη ρίψη λιπών και μη οικολογικών απορρυπαντικών από την κουζίνα. Τα διάφορα καθαριστικά με τη χημική τους σύνθεση μπορούν να σκοτώσουν τα βακτήρια και να διακόψουν τη διαδικασία σήψης και επεξεργασίας των λυμάτων. Η απόδοση του βόθρου μειώνεται ή αναστέλλεται και ο απορροφητικός βόθρος χάνει την απορροφητικότητά του, ενώ στην περίπτωση του στεγανού γεμίζει λάσπη.
Τα προϊόντα που πρέπει να αποφεύγονται από το να ρίχνονται στην αποχέτευση που καταλήγει σε βιολογικό βόθρο είναι όσα περιέχουν χλώριο (χλωρίνη κλπ). Το χλώριο σκοτώνει τα ένζυμα και τα βακτήρια πού υπάρχουν στον βόθρο. Τα απολυμαντικά, καυστική ποτάσα, υδροχλωρικό οξύ (άκουα φόρτε) όπως επίσης και αντιβακτηριδιακά καθαριστικά.
Θα πρέπει να χρησιμοποιούνται καθαριστικά που είναι οικολογικά και βιοδιασπώμενα, δηλαδή προϊόντα μη χλωριούχα με βάση μικροοργανισμούς και ένζυμα διάσπασης οργανικών αποβλήτων.
Η συγκέντρωση των λιπών και λαδιών είτε στο βόθρο είτε στην αποχέτευση, προκαλεί ζημιές, εμφράξεις, μείωση βάθους του βόθρου λόγω δημιουργίας αδιαπέραστου στρώματος λάσπης, στένωση τοιχωμάτων βόθρων με δημιουργία αδιαπέραστης μεμβράνης ή κρούστας, και μείωση διαμέτρου των σωληνώσεων. Η δημιουργία αυτών των προβλημάτων οδηγεί σε καταστροφή του βόθρου γιατί μειώνεται η χωρητικότητα του βόθρου και τα επίπεδα και τοιχώματα λίπους δεν μπορούν να απορροφηθούν από το βοθρατζίδικο γιατί είναι στερεό απόβλητο. Για τη σύλληψη των λιπών και λαδιών χρησιμοποιείται παγίδα που ονομάζεται λιποσυλλέκτης.
Είναι γεγονός ότι η άναρχη δόμηση σε εκτός σχεδίου περιοχές της Αττικής κυρίως, με την ανοχή των τοπικών αρχόντων, στέρησαν βασικές υποδομές στους νεοανεγειρόμενους οικισμούς. Η πλειοψηφία των εγκαταστάσεων διαχείρισης λυμάτων σε κάθε είδους κτίριο των Μεσογείων γίνεται χωρίς δίκτυο αποχέτευσης, με απορροφητικούς και άρα πολύ επιβαρυντικούς για το περιβάλλον βόθρους.
Ο στεγανός βόθρος είναι κατ’ ουσίαν μια κλειστή δεξαμενή (σηπτική) που συγκεντρώνει τα λύματα και όταν κορεστεί χρειάζεται άδειασμα. Ο στεγανός βόθρος δεν επεξεργάζεται τα λύματα και αναμένει πάντοτε το αποφρακτικό (βυτιοφόρο) να τον εκκενώσει. Ο απορροφητικός είναι μια άλλη λύση, πιο επιβαρυντική για το περιβάλλον, που στερείται βάσης και διοχετεύει τα υγρά λύματα, πάλι χωρίς επεξεργασία στο υπέδαφος και δυνητικά, στον υδροφόρο ορίζοντα.